بدأ اللاعب الشهيد حياته الرياضية بعدما شارك في دوري مدراس للمرحلة الإبتدائية، حيث أعجب المدرب محمد أبو عيطة بلعبه، وقرر تنمية مهاراته الرياضية، وانضم لنادي الهلال في المحافظة الوسطى في عمر 11 عاماً. ثم بدأ بالتدرج في الفئات العمرية المختلفة.
شارك الشهيد محمد خليفة ضمن بعثة نادي الهلال إلى جمهورية إيرلندا وحصل على المركز الأول 2015، والمركز الثاني 2016م. كما شارك في بطولة طوكيو مع فريق الهلال المشارك في حينها.
كما شارك في الفريق الأول وشارك في مبارايات الدوري الرسمية من الدرجة الممتازة، ولعب في مركز رأس الحربة وسجل أهداف حاسمة للفريق. وانضم  فيما بعد لمنتخب الشباب مع الكابتن الشهيد هاني المصدر.